Les lacs du pays et le réseau hydrographique influencent l'augmentation de la diversité biologique du pays. Trois sont les principaux lacs que l'Albanie partageait avec les pays voisins, le lac Shkodra, le lac Ohrid et les lacs Prespa (Macro et Micro). Il existe également dans le pays environ 247 lacs naturels, de types et de tailles différents, ainsi qu'un nombre considérable de lacs artificiels.