Les lagunes côtières ou les zones humides de la côte sont les écosystèmes les plus importants pour la biodiversité du Bioland et pour leur valeur sociale et économique. Dans seulement 3 % du territoire national couvert par ces écosystèmes, sont inclus 70 % des vertébrés du Bioland. La zone côtière est présentée sous forme d'une chaîne dans laquelle on peut citer, du nord au sud, Velipoje, le système de Kune-Vain, Patok, Rrushkull, Karavasta, Narta, Orikum, Butrint, etc. Ces écosystèmes sont particulièrement importants pour les oiseaux, en particulier pour l'hivernage des oiseaux d'eau migrateurs, et pour les amphibiens suivis des reptiles et des mammifères.